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復旦現代人類學實驗室多年來研究的主題之一，就是按照人類基因中的Y染色體研究人類進化、演變的路徑。“曹操傢族DNA”研究項目始於2009年。當時，河南省安陽市宣稱發現曹操墓，剛剛從美國耶魯大學訪問歸來的李輝著手安排研究曹操傢族的相關事宜。
為瞭在全國現存曹姓人中準確搜尋出真正的魏武之後，李輝找到同校的歷史系教授韓昇，尋求跨學科幫助。韓昇長期從事魏隋唐史的研究，是中國魏晉南北朝史學會理事。這位曾經登上《百傢講壇》的歷史系教授，對這種跨學科的合作很有興趣。1982年出生的博士後嚴實和1987年出生的研究生王傳超也加入研究，課題組形成瞭四人團隊。
“我們是通過調查現代曹姓人群來反推曹操的Y染色體類型：首先，我們課題組對上海圖書館收藏的118 件曹氏族譜進行瞭全面查閱和篩選，將傢譜所載世系同歷史記載相比較，挑選出比較可靠的傢譜，其中包含自稱是曹操後裔的傢譜。把曹氏取樣的面鋪得廣一些，多取一些樣本，能夠更加全面地反映出自古以來多支曹氏傢族的基因狀況，獲得整體的把握。然後根據傢譜信息，確定采樣地點，我們在全國范圍內對110多個曹姓傢族進行DNA取樣，用100個單核苷酸位點(SNP)做Y染色體分型。”課題組成員王傳超這樣介紹。雖然是團隊中最年輕的一位，王傳超實際為發表在日本《人類遺傳學報》上“曹操傢族DNA”相關論文的第一作者。
不過，最初尋找曹氏後人的工作並不順利，研究人員根據傢譜找到當地，經常很難聯系到傢族相關人員。最終，是河南省文物局公佈的確認曹操墓位於河南省安陽市安豐鄉西高穴村的消息，給研究帶來瞭轉機。借著當時對“曹操墓”的爭議，復旦大學召開發佈會，宣佈歷史系與現代人類學教育部重點實驗室將聯手進行一項新的課題研究，調查分析曹氏基因，進而給曹操墓真偽的研究提供科學依據，並征集國內曹姓、夏侯姓男性志願者報名參與Y染色體檢測。
結果是，“有的傢族開大巴車，一村子十幾個人就來抽血瞭”。
不到半年，取樣就得出瞭結果。王傳超說，聲稱是曹操後代的人群，檢測出O2*—M268這個單倍群的比例，達到50%左右，明顯高於在一般漢族人群和一般曹姓人群中的比例(5%左右)。通過一系列的概率計算，研究團隊進一步確認瞭這一“曹操後代”標志。
成功反推出曹操傢族DNA後，2011年初，課題組來到曹操老傢、曹氏宗族墓所在地安徽亳州，找到兩顆上世紀70年代從曹氏宗族墓“元寶坑一號墓”中出土的、可以確證為曹操叔祖父曹鼎的牙齒。經過總共6次的古DNA反復測試，確認瞭其Y染色體類型就是之前找到的O2*—M268。
不過根據課題組方面披露，之所以使用曹操叔祖父的牙齒，原因是未能獲得安陽“曹操墓”遺骨。2009 年發掘、後得到國傢文物局認定的曹操墓，位於河南安陽市安豐鄉西高穴村，其真偽問題在當時引起廣泛爭議，至今沒有統一結論。安陽曹操墓出土瞭三具人骨，其中一具或許為曹操遺骨，但至今並未得到古DNA檢測。
“他們認為曹操墓在考古學上是真的，沒有必要做基因檢測，我們也尊重他們。”課題組成員韓昇曾公開表示。
“曹氏後人”悲喜兩重天
“在之前的研究中，我們推定來自遼寧鐵嶺、安徽舒城、安徽績溪、江蘇鹽城、湖南長沙和遼寧東港的六支Y染色體單倍群為O2*-M268的曹氏可能是曹操後代。後來，我們又對M268的一個下遊位點PK4進行瞭檢測，發現長沙以及舒城的少數幾例O2*-M268曹姓為O2a*-PK4+，或與曹操無關。值得一提的是，我們對山東乳山河南村宣稱為曹操後裔的曹氏進行調查，發現其Y染色體類型也是O2* (M268+, PK4-, M176-)，或許也是曹操之後。”王傳超所介紹的研究結論，成為復旦大學公佈曹操傢族DNA研究成果後“紛爭四起”的導火索。
被DNA測試認定為曹操後人的多有動作。根據媒體披露，遼寧鐵嶺的曹氏後人想建一座“曹氏祠堂”，讓鐵嶺各地和從鐵嶺腰堡遷移到其他省份的曹操後人一起祭拜。被認為曹操“戶籍”的安徽亳州，立馬宣佈將投資2億元開建曹氏故居，包括曹操紀念館、曹操文化園等集文化、旅遊、休閑於一體的大型核心景區項目。
而被研究結果排除在外者則憤憤不平。常州曹氏有人表示異議：“老人都說我們是曹操後代，傳瞭多少代瞭，復旦這樣一個結果就把我們祖先否定瞭？”江西曹雪芹後人也質疑，僅憑4例江西血樣就把他們排除在外，不公正。
河南省文物考古研究所副研究員、曹操高陵墓葬考古隊領隊潘偉斌公開質疑復旦大學課題組“應用方法有問題”。潘偉斌認為，課題組研究的重要文獻依托，是258個曹姓族譜，但族譜問題很復雜。“現在看到的族譜都是明代以後的，之前的族譜找不到，就形成幾百年的斷檔。後來修的族譜靠傢族回憶，這是不可靠的，不可靠得出的結論不行。過去傢族修族譜，往往對自己的先人往皇室、皇族的背景上靠。靠的後果，是許多東西打折扣瞭。”
4年花2萬經費，由其他項目省出
更多的質疑指向研究的意義。大量網友質疑課題組“拿著科研經費當兒戲，吃飽瞭飯沒事幹”，有媒體因此哀悼“學術操守”淪喪，甚至直接“有罪推定”，懷疑“安徽亳州欲投資2億元打造曹操故居”與復旦曹操傢族DNA研究存在利益關聯。
著名科普作傢方舟子站出來表示“復旦曹操傢族DNA研究並不荒唐”。“理論上來說，確實有這樣的可能性，通過檢測一些有可能是曹操後人的基因，找到一個特殊的序列，這個序列本身罕見，而且在曹操傢族的男性中又有一定的出現率，那麼有可能因此而確定曹操傢族的DNA。此外，據公開的消息顯示，他們還算出瞭這個序列流傳的時間，和曹操本身接近，這些本身也確實有研究的價值。”方舟子稱，世界上類似的課題並不少見，本身也有它的作用，對於解開歷史謎題也有幫助，因此，這樣的研究是成立的，並不是荒唐無稽、浪費經費。
“曹操項目本身沒有提前立過項，沒有專門找一塊資金來做。用的是研究東亞人群起源的經費來做這件事。如果說跨學科，實話說文科就算能申請下來幾萬塊經費，對於分子生物學研究也不過杯水車薪，出差采幾次樣就沒有瞭。我們做這事純粹是賺吆喝。”課題組成員嚴實針對網上的質疑，對時代周報記者作瞭回應，“歷時約4年中所有采樣過程的花費不過2萬元左右，全是從實驗室很多其他項目中省出來的。”
“現在的大眾對科學傢的期望還停留在陳景潤時代，睡草棚、吃窩窩頭，解答世界難題。有很多質疑其實都是反映長期以來大傢的一貫看法，覺得科研經費是被一堆不學無術的人A(騙)得很慘。”一位在華南地區理工科高校任教的老師向時代周報記者表示，一些“外行”針對復旦曹操傢族DNA研究提出各種質疑，甚至還有試圖通過發表論文期刊是否權威來評價研究成果，“正是這樣造成學界SCI(科學引文索引)風氣嚴重。在科學領域，外行就不該說話，這還真不是歧視。”
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